Historia Międzyzakładowego Związku Zawodowego Pracowników KM związana jest z powstaniem Mazowieckiego Zakładu Przewozów Regionalnych i Kolei Mazowieckich, kiedy to z warszawskich struktur Związku Zawodowego Rewidentów Taboru wyodrębniony został Międzyzakładowy Związek Zawodowy Rewidentów Taboru działający w sekcjach obecnych  Kolei Mazowieckich. Była to organizacja zrzeszająca jedynie grupę zawodową rewidentów.

Pierwszym przewodniczącym ZZRT (w latach 2002-2004) był Tomasz Kaczyński. Od 2004 roku do chwili obecnej funkcję tą pełni Zbigniew Satyła.

Dzięki skutecznym działaniom członków MZZRT w Kolejach Mazowieckich i aktywnemu rozwojowi na wielu płaszczyznach, szeregi Związku zaczęli zasilać przedstawiciele innych grup zawodowych, co stworzyło potrzebę zmiany nazwy na taką, która będzie odzwierciedlała zrzeszenie osób wykonujących różne zawody. 

Dnia 12 stycznia 2011 roku – Międzyzakładowy Związek Zawodowy Rewidentów Taboru przy Kolejach Mazowieckich zmienił nazwę na  Międzyzakładowy Związek Zawodowy Pracowników KM Zarząd Międzyzakładowy przy „Koleje Mazowieckie-KM sp. z o. o. w Warszawie”. Związek używa skrótu MZZPKM, który stanowi skrót od Międzyzakładowego Związku Zawodowego Pracowników Kolei Mazowieckich, która to nazwa widnieje w naszym logo i na sztandarze.

Zgodnie z uchwałami z dnia 27 sierpnia 2023 roku Związek jest oddziałem Międzyzakładowego Związku Zawodowego Pracowników KM, zarejestrowanego pod numerem KRS: 0001040522.