Celem Związku jest reprezentowanie oraz obrona praw i interesów pracowników Kolei Mazowieckich i Oddziału Usług Utrzymania w zakresie warunków pracy i płac, a także warunków socjalno-bytowych i kulturalnych, jak również reprezentowanie Związku i jego członków wobec przedstawicieli organów władzy państwowej, samorządu terytorialnego, organizacji pracodawców oraz innych organizacji zawodowych i społecznych.
Szczegółowymi celami MZZPKM są:
- zapewnienie stosowania polityki racjonalnego zatrudnienia oraz kształtowania praw i obowiązków wynikających ze stosunku pracy,
- kształtowanie oraz sprawowanie nadzoru nad prawidłowym wykorzystaniem funduszu płac, funduszu socjalnego oraz innych świadczeń na rzecz pracowników i ich rodzin,
- kształtowanie oraz sprawowanie nadzoru nad przestrzeganiem przepisów bezpieczeństwa, higieny i kultury pracy,
- zapewnianie odpowiedniego czasu wypoczynku,
- zapewnianie świadczeń chorobowych, emerytalno-rentowych i innych,
- kształtowanie etyki zawodowej, rzetelnego wykonywania obowiązków pracowniczych oraz zapewnienie przestrzegania zasad współżycia społecznego,
- współuczestniczenie w kształtowaniu i realizacji rozwoju Kolei Mazowieckich oraz harmonizowanie działania spółki z interesami pracowników w duchu dialogu społecznego,
- inicjowanie i popieranie działań na rzecz stwarzania pracownikom warunków do podnoszenia kwalifikacji zawodowych i adaptacji społeczno-zawodowej młodych pracowników,
- reprezentowanie interesów członków związku wobec pracodawcy oraz innych podmiotów,
- zrzeszenie osób, których cel i wartości skupiają się wokół szeroko pojętego dobra pracowników, w tym w szczególności poprawy warunków pracy i płacy.